运行一个RNA-Seq流程 此流程根据《使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析》重复文中的RNA-Seq实验 流程设计 本流程分为如下步骤： 生物信息服务器的搭建 生信环境的配置 在生信环境上操作RNA-seq实验 统计数据及结果分析 生信服务器的搭建 生物信息学分析所使用的数据量

个人微信公众号开通啦 2022年4月16日，个人微信公众号 “flatig的开发日记” 正式开通啦！ 欢迎各位朋友前来关注！！！

英语兔朗读 诺贝尔文学奖得主经典情诗《如果你忘记我》(聂鲁达) If You Forget Me by Pablo Neruda I want you to know one thing You know how this is: If I look at the crystal moon, at the red branch of the slow autumn at my window, If I touch near the fire, the impalpable ash or the wrinkled body of the log. Everything carries me to you, as if everything that exist, aromas, light, metals, were little boats that sail toward those isles of yours that wait for me. Well, now, if little by little you stop loving me I shall stop loving you little by little. If suddenly you forget me do not look for me, for I shall already have forgotten you. If you think it long

流程 将RNA-seq reads与基因组进行比对 ● 时间<20分钟 将每个样本的reads映射到参考基因组上 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 $ hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz -2 chrX_data/samples/ERR188044_chrX_2.fastq.gz -S ERR188044_chrX.sam $ hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 chrX_data/samples/ERR188104_chrX_1.fastq.gz -2 chrX_data/samples/ERR188104_chrX_2.fastq.gz -S ERR188104_chrX.sam $ hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 chrX_data/samples/ERR188234_chrX_1.fastq.gz -2 chrX_data/samples/ERR188234_chrX_2.fastq.gz -S ERR188234_chrX.sam $ hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 chrX_data/samples/ERR188245_chrX_1.fastq.gz -2 chrX_data/samples/ERR188245_chrX_2.fastq.gz -S ERR188245_chrX.sam $ hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1

材料 配置 数据（本方案中使用的RNA-seq reads、索引和基因注释的例子可在链接；详情见设备设置） HISAT2软件（链接1或链接2），2.0.1或更高版本 StringTie软件(链接1或链接2, 1.2.2 或更高版本) SAMtools （链接, 版本0.1.19或更高) R（链接，版本3.2.2或更高）。 硬件（64位计算机，运

实验设计 用HISAT进行reads比对 RNA-seq分析开始时，将reads与参考基因组进行映射，以确定其基因组位置。这种映射信息使我们能够收集每个基因对应的reads子集，然后进行组装，并对这些reads所代表的转录本进行量化。已经开发了几种将reads与基因组对齐的快速算法，其中Bowtie和B

1 2 本文章基于 DeepL 进行初步翻译，后人工调整部分语法和句式以使其通顺易读。 具有相应基础知识的读者可以阅读此篇文章以横向扩充知识： RNA-seq数据分析—方法学文章的实战练习 作者： Mihaela Pertea1,2, Daehwan Kim1, Geo M Pertea1, Jeffrey T Leek3 & Steven L Salzberg1–4 美国马里兰州巴尔摩市约翰-霍普金斯医学院McKusick-Nath