使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析(中译)(四)
发表于
|
分类于
生物信息学习
流程将RNA-seq reads与基因组进行比对 ● 时间<20分钟
将每个样本的reads映射到参考基因组上
123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536$ hisat2 -p 8 --dta -x chrX
...
使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析(中译)(三)
发表于
|
分类于
生物信息学习
材料配置
数据(本方案中使用的RNA-seq reads、索引和基因注释的例子可在链接;详情见设备设置)
HISAT2软件(链接1或链接2),2.0.1或更高版本
StringTie软件(链接1或链接2, 1.2.2 或更高版本)
SAMtools (链接, 版本0.1.19或更高)
R(链接,版
...
使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析(中译)(二)
发表于
|
分类于
生物信息学习
实验设计用HISAT进行reads比对RNA-seq分析开始时,将reads与参考基因组进行映射,以确定其基因组位置。这种映射信息使我们能够收集每个基因对应的reads子集,然后进行组装,并对这些reads所代表的转录本进行量化。已经开发了几种将reads与基因组对齐的快速算法,其中Bowtie和B
...
使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析(中译)(一)
发表于
|
分类于
生物信息学习
12本文章基于 DeepL 进行初步翻译,后人工调整部分语法和句式以使其通顺易读。具有相应基础知识的读者可以阅读此篇文章以横向扩充知识:
RNA-seq数据分析—方法学文章的实战练习
作者: Mihaela Pertea1,2, Daehwan Kim1, Geo M Pertea1, Jeffre
...