使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析（中译）(四)
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生物信息学习
流程将RNA-seq reads与基因组进行比对 ● 时间<20分钟
将每个样本的reads映射到参考基因组上
123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536$ hisat2 -p 8 --dta -x chrX
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使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析（中译）(三)
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生物信息学习
材料配置
数据（本方案中使用的RNA-seq reads、索引和基因注释的例子可在链接；详情见设备设置）
HISAT2软件（链接1或链接2），2.0.1或更高版本
StringTie软件(链接1或链接2, 1.2.2 或更高版本)
SAMtools （链接, 版本0.1.19或更高)
R（链接，版
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使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析（中译）(二)
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生物信息学习
实验设计用HISAT进行reads比对RNA-seq分析开始时，将reads与参考基因组进行映射，以确定其基因组位置。这种映射信息使我们能够收集每个基因对应的reads子集，然后进行组装，并对这些reads所代表的转录本进行量化。已经开发了几种将reads与基因组对齐的快速算法，其中Bowtie和B
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使用HISAT StringTie和Ballgown进行的转录本表达水平分析（中译）(一)
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生物信息学习
12本文章基于 DeepL 进行初步翻译，后人工调整部分语法和句式以使其通顺易读。具有相应基础知识的读者可以阅读此篇文章以横向扩充知识：
RNA-seq数据分析—方法学文章的实战练习
作者： Mihaela Pertea1,2, Daehwan Kim1, Geo M Pertea1, Jeffre
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